Iako je dve godine proveo na Hristovom koledžu u Kembridžu sa ciljem da postane sveštenik, od 1849. godine Čarls Darvin je prestao da posećuje crkvu. Nedeljom bi ispraćao svoju ženu Emu i decu do kapija crkve, a on bi odlazio u šetnju. U šetnjama nije bio sam jer je bio posvećen razmišljanjima o Bogu i svetu koji vidi oko sebe, a još uvek je u mislima sređivao utiske koje je sakupio 1831. godine na putu oko sveta na brodu Bigl.
Da bi objasnio podatke koje je sakupio o životinjskim vrstama na tom putovanju, Darvin je morao dovesti u pitanje ono što ga je učila Anglikanska crkva kojoj je pripadao. Postojanje životinjskih vrsta koje je osmislio i stvorio Bog jednom za svagda nije bilo u skladu sa pronađenim fosilima nestalih vrsta kao i sa sličnim varijacijama unutar vrste. Agoniju kroz koju je prolazio pokušavajući da uklopi ono u šta je naučen da veruje i ono što je video vlastitim očima delio je otvoreno sa svojom ženom.
Ema je bila posvećena crkvi koja joj je obećavala večan zagrobni život, ali je imala potpuno razumevanje prema njegovim nedoumicama. U pismu 1838. godine pisala mu je „Razum mi govori da iskrena i otvorena sumnja ne može biti greh“. Uz njenu podršku Darvin je uspeo da objavi svoje delo „O poreklu vrsta“ 1859. godine u kome opisuje kako vrste adaptacijom nastaju jedne iz drugih što navodi na to da je i čovek mogao nastati iz nižih oblika života.
Ovako smela ideja dovela je do toga da se često, čak i danas, konstantovanje evolutivnih činjenica identifikuje sa potpunim odbacivanjem vere, a sa čime se Darvin ne bi složio. U pismu iz 1879. godine, pred kraj svog života, Darvin piše „Izgleda mi apsurdno sumnjati da vernik ujedno može biti i evolucionista. To da li se čovek naziva vernikom zavisi od definicije vernika što je preopširna tema za ovo pismo. U mojim najvećim premišljanjima nikada nisam bio ateista u smislu da sam potpuno odbijao da poverujem u mogućnost postojanja Boga. Pretpostavljam da sam se sa sazrevanjem sve više približavao nečem što se može opisati kao agnostik.“
